パスポートを更新した場合、台湾に入国してカードを受け取ることはできますか？

可能ですが、入国時に新旧両方のパスポートと「海外申請者向けの在留資格証明書」を提示する必要があります。

「就業ゴールドカード」を受け取った後、「外国専門人材申請プラットフォーム」でパスポート番号を変更してください。